513372 - Linux, Scripts y GMT

CLASE 6 - install_gmt

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Esta semana todos deben haber aprendido de la clase 1 a 5. Si les falta trabajar en estas clases, ahora es tiempo de hacerlo!

6.0 install_gmt

Con el conocimiento del uso de una terminal, comandos en bash como awk, sed, grep y sort, y unas scripts básicos para manipular datos con los comandos, estamos listos a installar GMT (Generic Mapping Tools).

La página web de GMT es http://gmt.soest.hawaii.edu/. De aquí, se puede encontrar ejemplos de scripts en GMT, la documentación sobre GMT, y el script para instalar el programa (install_gmt.sh).

Nosotros entonces queremos bajar install_gmt.sh, crear un directorio donde queremos instalar GMT, hazlo ejecutable y correr el script*.

         *Note: en los computadores de sala 304, se puede correr este script como usario regular: ./install_gmt.sh
                    en sus computadores personales, quizas hay que correr el script como root: sudo ./install_gmt.sh, pero pruebalo sin root primero por favor!

El script va a preguntar unos parámetros, por ejemplo:

                ==> Enter make utility to use [make]:

Normalmente, queremos la opción default, que esta dada en los paréntesis [...]. Para eso, solamente tenemos que presionar "Enter/Intro" en el teclado. Muchas de las opciones pueden ser eligidas así, pero existen unas diferencias:

==> Have you installed netcdf (version 3.6 or later)? (y/n) [y]: n
==> Use experimental GDAL grid input in GMT (y/n) [y]: n
We offer 9 different ftp sites.  Choose the one nearest
you in order to minimize net traffic and transmission times.
The sites are:

1. SOEST, U of Hawaii [GMT Home], Honolulu, Hawaii, USA
2. NOAA, Lab for Satellite Altimetry, Silver Spring, Maryland, USA
3. IRIS, Incorporated Research Institutions for Seismology, Seattle, Washington, USA
4. IAG-USP, Dept of Geophysics, U. of Sao Paulo, BRAZIL
5. Dept of Geosciences, U of Oslo, NORWAY
6. Goodie Domain Service, Vienna U of Techology, AUSTRIA
7. Tokai U, Shimizu, JAPAN
8. School of Geosciences, U of Sydney, AUSTRALIA
9. TENET, Tertiary Education & Research Networks of South Africa, SOUTH AFRICA
 
==> Enter your choice [1]: 4                                                                                                            (opcional)
==> Enter name of C compiler (include path if not in search path): gcc
==> Delete all tar files after install? (y/n) [n]: y                                                                               (opcional)
Several supplemental packages are available:

------------------------------------------------------------------------------
dbase:     Extracting data from NGDC DEM and other grids
gshhs:     Global Self-consistent Hierarchical High-resolution Shoreline extractor
imgsrc:    Extracting grids from global altimeter files (Sandwell/Smith)
meca:      Plotting special symbols in seismology and geodesy
mex:       Interface for reading/writing GMT grdfiles (REQUIRES MATLAB or OCTAVE)
mgd77:     Programs for handling MGD77 data files
mgg:       Programs for making, managing, and plotting .gmt files
misc:      Digitize or stitch line segments, read netCDF 1-D tables, and more
segyprogs: Plot SEGY seismic data files
sph:       Spherical triangulation, Voronoi construction and interpolation
spotter:   Plate tectonic backtracking and hotspotting
x2sys:     New (Generic) Track intersection (crossover) tools
x_system:  Old (MGG-specific) Track intersection (crossover) tools
xgrid:     An X11-based graphical editor for netCDF-based .grd files
------------------------------------------------------------------------------

==> Install any of the supplemental programs? (y/n/a(ll))? [a]: y
==> Install the dbase supplemental package? (y/n)? [y]: 
==> Install the gshhs supplemental package? (y/n)? [y]: 
==> Install the imgsrc supplemental package? (y/n)? [y]: 
==> Install the meca supplemental package? (y/n)? [y]: 
==> Install the mex supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the mgd77 supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the mgg supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the misc supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the segyprogs supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the sph supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the spotter supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the x2sys supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the x_system supplemental package? (y/n)? [y]: n
==> Install the xgrid supplemental package? (y/n)? [y]: n

(note: para mi, estos no estan usados y siempre rompen la instalación. Aún, si realmente quieren/necesitan estos paquetes podemos probarlo)

                                Este script va a crear un archivo GMTparam.txt con sus elecciones guardadas.
                                Si quieren correr el script de nuevo, después de cambiar un parámetro, siempre
                                es más facil editar GMTparam.txt y correr el script con el archivo .txt de los
                                parámetros como el primer argumento.

                                ./install_gmt.sh GMTparam.txt

La elección de los parámetros, en completo, se puede ver aquí.

Como corre el script se puede ver aquí.

En el lugar donde instalaron GMT, debe ser un directorio GMT4.5.2/bin. Dentro de eso existen los 140 comandos (de backtracker a xyz2grd) de GMT. Estos deben ser ejecutables (reviselo con ls -l).

La última cosa a hacer es modificar el archivo .bashrc en su directorio home. Queremos que el variable $PATH apunta al directorio donde están los comandos para GMT (si no recuerden como hacer eso, revisen la sección 3.4 en la clase 3).

Revise que se puede correr comandos de GMT (como pscoast) desde cualquier lugar en el terminal con el comando

which pscoast

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